و‏استشهد بمصر في الفسطاط في‎ ‎شهر صفر سنة ۳۸ للهجرة، قتله معاوية بن خديج بن جفنة ‏السكوني، وقيل عمرو ابن عثمان، واصرموا على جسده الطاهر النار. ‏

مرقده بمصر خارج مدينة الفسطاط بموضع يعرف بـ‏‎ ‎كوم شريك وهو عامر يزار وإلى جنبه ‏مسجد يعرف بـ مسجد زمام حيث دفنت جثته مع‎ ‎رأسه، وقيل أن جماعة من المسلمين اقبروا ‏جثته وبنوا عليها دكة حيث كانوا يعرفون‎ ‎صلابة ايمانه وتشيعه وصدق حديثه، وجلالة نسبه، ‏و شخصيته في الإسلام.‏
لما‎ ‎استقر امر محمد بن ابي بكر في مصر تقل ذلك على معاوية بن ابي سفيان وعمر بن‎ ‎العاص، ‏فجهز معاوية جيشاً بقياده معاوية بن خديج لملاقاة محمد بن ابي بكر فخرج إليهم‎ ‎محمد ومن معه ‏من اصحابه فقاتلهم حتى قتل ثم جعلوه في جوف حمار واضرموا النار فيه.‏

نشأ محمد بن ابي بكر في حجر علي امير المؤمنين عليه السلام وتولى تربيته و‎ ‎أدبه بأدبه وفقهه ‏من فقهه، وكان لايعرف ابا غير علي عليه السلام حتى قال علي‏‎ ‎عليه السلام: "محمد ابني من ‏صلب ابي بكر". فقد ورد أيضاً أنه كان حبيباً لعلي‏‎ ‎امير المؤمنين عليه السلام ربان في حجره ‏صغيراً حين تزوج أمه أسماء بنت عيسى و‎ ‎لما سمع امير المؤمنين عليه السلام بقتل محمد حزن ‏عليه حتى بان الحزن في وجهه،‎ ‎وقيل لامير المؤمنين لقد جزعت على محمد بن أبي بكر جزعاً ‏شديداً فأجاب وما يمنعني‎ ‎أنه كان لي ربيباً، وكان لبنيّ أخاً وكنت له والداً أعده ولدا.‏
فسلام عليه يوم ولد ويوم استشهد ويوم يبعث حيا.‏

المصدر: موقع http://www.tabrizi.org.