بناء المسجد وفقاً لما ورد في النقش الذي يعلو مدخله، يعود الى سنة 870 للهجرة القمرية (أي 1465 للميلاد)، حيث أمرت ببنائه امرأةٌ تدعى «صالحة بنت السلطان جهانشاه».

وكان السلطان جهانشاه من أقوى حكام سلالة «قرة قويونلو» التي حكمت آذربيجان، وشاعراً محباً للجاليات والفن الزخرفي. التنوع والدقة والجمال في استخدام انواع القطع القاشانية وكذلك الاعتماد على ألوان زاهية ومختلف الخطوط في تزيين هذا المسجد ولا سيما اللون اللازوردي الموجود في قطع الفسيفساء؛ كل ذلك جعل المسجد الأزرق يعرف ايضاً بـ «فيروز الاسلام».

المدخل الرئيس للمسجد والنقوش المنحوتة بخط الثلث واللوحات المكتوبة بالخط الكوفي والتي تتضمن سوراً من القرآن الكريم، هي من روائع ونفائس فن الزخرفة بالفسيفساء التي سجلها العهد الاسلامي في ايران.

اما الطابق فهو الآخر من مواد الإنشاء الرئسية في بناء المسجد الأزرق. للمسجد صحن مربع الشكل يتوسطه حوض ماء للوضوء. كما تمت في المسجد تعبئة أروقة خاصة لإيواء المساكين والمحتاجين وإلقاء المحاضرات.

الى ذلك، تعد قبة المسجد الكبيرة هي الأخرى من اكبر ما بناه الفنانون المعماريون من الطابوق في العهد الإيلخاني.

هذا وقام المعماريون الايرانيون البارعون أيضاً بانشاء قوائم عديدة لتحمل الوزن الثقيل لهذه القبة، وتتراءى هذه القوائم من داخل المسجد بشكل جيد؛ ويعدّ ذلك من اكبر منجزات الفن المعماري الايراني في العصر الساساني.

جدير بالذكر أنه وفي السنوات الاخيرة وجراء انشاء مبان وعمارات بالقرب من المسجد الأزرق، تم العثور على مقبرة قديمة يعود تاريخها الى الألفية الأولى قبل الميلاد. هذه المقبرة التي يبلغ عمقها من سطح الأرض عشرة أمتار هي من المقابر الأثرية الفريدة من نوعها التي اكتشفت الى يومنا هذا.