بني هذا المسجد باستخدام الحجر والطوب، لهذا المسجد صحن وأربعة أروقة ومكانين من أجل صلاة الليل. هذا إضافة لوجود القبب والسقوف المقنطرة التي تم تزيينها بإستخدام الجص الملون إلى جانب الآيات المكتوبة على الجدران والتي تعود للعام 1263 هجري كما هو مبيّن عليها.

ان هذا المسجد هو بناء قديم جدا ولكن له مكانه معنويه ورغم مرور 1100 عام على بنائه فهو يعتبر أعلى المباني في مدينة قائن.

تعرض المسجد اكثر من مرة لزلزال حيث دمر شبه كامل إلا أنه تمت إعادة بنائه ، يمكن مشاهدة ذلك من خلال الكتيبات الموجودة فيه.

ورد في إحدى هذه الكتيبات التي يعود تاريخها الى العام 796 الهجري القمري: تم ترميم البناء بأمر من جمشيد قارن من عائلة قارن المعروفة والذي كان حاكم قائن في عهد الأمير تيمور الفاتح.

تم ترميمه في العام 1086 للهجرة فترة الشاه سليمان الصفوي بأمر من صفشكن خان.

تبلغ مساحة الجامع 2470 مترا مربعا منها 1050 مترا مربعًا مخصص لأروقة الصلاة. كما تبلغ ساحة المسجد بطول 33 مترا وعرض 28مترا , وتوجد على اطراف الساحة غرف بمساحات مختلفة ومتساوية الطول.

من روائع العمارة في المسجد هو الايوان فهو ذو ارتفاع 18مترا وطول 22مترا وعرض 22مترا وهو يشبه ايوان جامع كوهرشاد، حيث تلوينه بشكل جميل جدا والكاشي المعرق يشبه المستخدم في مساجد اصفهان في العهد الصفوي.

صنع المنبر الخشبي الحرفي محمد مقيم في العام 1082 للهجرة والذي يُعتبر من أندر التحف اليدوية الرائعة. ونقش عليه بخط جميل "عمل استاد محمد مقيم بن استاد محمد ولي بن استاد حسن علي كاخكي في شهور سنة اثنان وثمانون بعد الألف".

توجد في وسط ساحة المسجد ساعة شمسية لتعيين اتجاه القبلة والتي تم صنعها على يد الأستاذ توحيدي.

للمسجد بابان كبيران أحدهما يفتح شرقا باتجاه السوق القديم والثاني شمالاً باتجاه السوق الجديد.