ويحضى هذا المسجد بأهمية كبيرة ايضا من حيث هندسته المعمارية الصحراوية ووجود حفرة واسعة في باحته تحتوي على بستان واشجار النخيل واحتوائه على مساحات متنوعة.

ومن النقاط اللافتة للنظر لهذا البناء وجود مساحة واسعة بثمانية اضلاع من الجانب الشرقي لبوابة الدخول الرئيسية والمزين سقفها بنقوش جميلة من الجص. ويعود تاريخ هذا المسجد الى القرن الخامس للهجرة. وقد شيد المبنى على يد الملا محمد باقر.

ويقع المسجد والمدرسة العلمية التابعة له في حي بافق القديم، شارع الجامع. وقد تم تسجيله في قائمة الآثار الوطنية الايرانية عام 1996م. وهو أقدم مساجد مدينة بافق.

صمم المسجد الذي يسميه أهالي المنطقة بمسجد الجمعة، ليقسم على جزئين، صيفي وشتوي، حيث إن الجزء الصيفي هو مكان للتعبد والصلاة ليلاً ويحتوي على فتحات تهوية كبيرة مثل ما هو موجود في جامع يزد الكبير، وعلى خطين بقواعد محكمة. وكان للمسجد سقف ذو طابقين وهو الآن انهدم، ومسجد آخر تم بناؤه حديثاً. ويشاهد في مقدمة الإيوان والحرم أعمال من القاشي القاجاري.

يذكر ان المسجد يحتوي على منقوشات وشهادة وقف في محراب الحرام منقوشة على لوحة صخرية بتاريخ 1190 هجري قمري. وهناك شهادة وقف اخرى بتاريخ 1210 هجري قمري في المحراب أسفل إحدى فتحات التهوية والمتصلة بالحرم الرئيسي الكبير. ثم شهادة وقف ثالثة بتاريخ 1294 هجري قمري في مبنى المدرسة ذو الثمانية أضلاع.

تجدر الاشارة الى ان بافق تعتبر من المدن السياحية بمحافظة يزد، ومن أهم ابنيتها التأريخية هي مقبرة السيد عبدالله، وجامع بافق، وقلعة باقر آباد.