وذهب العلامة المجلسي في "تذكرة الأئمة" أنّ المسجد هذا كان مصلىً للإمام الحسن المجتبى (عليه السلام) ، وإنما صلى فيه بعد رجوعه مع أخيه الإمام الحسين (عليه السلام) من طبرستان في زمن خلافة عثمان سنة 32 هـ ق.
ثم جدد بناء المسجد لعدة مرات من قبل السلاطين أو التجار. وأخيرا قام آية الله العظمى السيد الكلبايكاني (قدس سره) بعمارته بطراز حديث وبناء ضخم قل نظيره.
ومن قديم الزمان يقام في هذا المسجد الشريف "الاعتكاف" في شهر رجب وشهر رمضان المبارك ولا يزال، كما تقام فيه صلوات الجماعة والجمعة، وقد صلى فيه كبار الفقهاء والمراجع العظام، وتعقد فيه الدروس والمباحثات الحوزوية.