لم يعد الجامع يستخدم اليوم للصلاة، وحُولت إحدى قاعاته إلى مقر للمتحف الإسلامي وتعرض فيه مقتنيات تاريخية متنوعة.
يقول مدير المتحف عرفات عمرو إن مسجد المغاربة أحد معالم الإرث المغربي والشمال الأفريقي داخل المسجد الأقصى.
وأشار إلى أن أصل بناء الجامع يعود إلى عهد صلاح الدين الأيوبي عندما وصل إلى القدس فاتحا عام 1187م، حيث بنى المسجد للمقاتلين المغاربة الذين شاركوا في فتح القدس وفيه كانوا يؤدون صلاتهم حسب المذهب المالكي.
يتطرق عمرو إلى تسمية بابين أحدهما للأقصى والآخر للقدس باسم "المغاربة"، إضافة إلى حارة المغاربة في البلدة القديمة، إلى الغرب من المسجد الأقصى المبارك، التي دمرها الاحتلال مع احتلال المدينة عام 1967.