وتعتبر مصر سد النهضة تهديدا وجوديا لها لأنها تُعاني ندرة مائية بحسب تصنيف البنك الدولي، إذ تعتمد بشكل أساسي على مياه نهر النيل في تلبية 95% من احتياجاتها المائية، ولذلك تريد هي والسودان من إثيوبيا الانتظار وعدم ملء السد حتى التوصل إلى اتفاق ملزم حول إدارته وهو ما ترفضه إثيوبيا.
وأشار الوزير عبد العاطي خلال فعاليات اليوم الثالث لأسبوع القاهرة للمياه، إلى أن البنية التحتية التي تسعى الحكومة لإنشائها حول السد العالي جنوبي البلاد تراعي كذلك احتمالية عدم وصول المياه إلى بحيرة ناصر في الوقت المحدد، مضيفا "لذا فنحن كوزارة نستعد لكافة المخاطر"، بحسب موقع أخبار اليوم (حكومي).
وكان وزير الري المصري حذر قبل أيام من أن "انهيار سد النهضة سيشكل مشكلة كبيرة نتمنى ألا تتحدث"، مؤكدا أن بلاده لديها إرادة سياسية وجاهزة للتفاوض وفقًا لآليات محددة معلنة للجميع بمدة تنفيذ وتفاوض محددة ووجود مراقبين دوليين؛ لوضع كل شخص أمام مسؤولياته.
وتخشى مصر أن تتأثر حصتها من عملية ملء السد، خصوصا في السنوات التي قد تشهد جفافا مع قلة معدلات الأمطار، أما إثيوبيا فتقول إن السد ضرورة وجودية، وتعول عليه في نهضة البلاد وتوفير الكهرباء لعشرات الملايين من سكانها.
ومع تعثر المفاوضات وتمسك كل طرف برأيه تقدمت مصر بمذكرة إلى مجلس الأمن في مايو/ آيار2020 لإخباره بتطور المفاوضات باعتباره "موقف قد يهدد السلم والأمن الدوليين"، متهمة إثيوبيا بخرق اتفاق إعلان المبادئ، ففوض المجلس الاتحاد الأفريقى برعاية المفاوضات التى أعُلن فشلها سابقا قبل استئناف هذه الجولة.