هذا المسجد من الاماكن المقدسة، ويُنسب الى الامام المهدي الحجة بن الحسن العسكري (عج).

السبب في تسمية هذا المسجد بـ "جمكران" يعود الى وقوعه على مقربة من قرية جمكران.

كان المسجد يسمى في قديم الايام بمسجد "قدمگاه" أي (المؤطئ)؛ وكانت قرية جمكران تحظى في القرون المنصرمة بغاية الاهمية، وورد ذكرها مرات عدة في كتاب "تاريخ قم"، الذي يعود تأليفه الى القرن الرابع الهجري، حيث قال فيه حسن بن محمد القمي: جمكران كانت اول قرية بنيت في قم.

اما القول المأثور فيما يخص بناء هذا المسجد الحالي، فيعود الى حكاية ذكرها الحاج ميرزا حسين نوري في مؤلفاته منها "النجم الثاقب".

جاء في هذه الحكاية المشهورة ان الشيخ حسن بن مثلة الجمكراني، وبعد المشهد الذي يراه في منامه، يتشرف بزيارة الامام الحجة بن الحسن العسكري (عج) في الثلاثاء 17 من شهر رمضان المبارك لسنة 393، حيث يأمره الامام المهدي (عج) ببناء هذا المسجد في قطعة ارض اختارها وبالتالي يضع لها علامات بما فيها الصلاة الخاصة لمسجد جمكران والاعتكاف فيه طلباً لقضاء الحوائج وشفاء المرضى؛ إلا ان هناك من الباحثين والعلماء من استشكلوا على هذه الحكاية، فيما ردت طائفة أخرى من الباحثين والعلماء على هذه الاشكاليات.

ان ازدهار مسجد جمكران في الآونة الاخيرة يعود الفضل فيه الى رعاية خاصة ومساعٍ حثيثة بذلها فضيلة الشيخ آية الله محمد تقي بافقي، وسبقه عدد قليل فقط وهم من رواد العلم والمعرفة الذين كانوا يسهرون في مسجد جمكران، الا ان الشيخ بافقي كان يتوجه الى هذا المسجد كل ليلة الاربعاء مشياً على الاقدام، تصطحبه جماعة من طلابه، حيث كان هذه العلامة يؤدي صلاتي المغرب والعشاء في مسجد جمكران ويعكف على العبادة هناك حتى صلاة الفجر؛ مما استرعى انتباه الناس الى هذا المسجد.

تضم مجموعة جمكران حسينيات وسوقاً صغيراً ونزلاً للزوار ومباني ادارية تبلغ مساحتها 250 هكتاراً مربعاً.