وتسمح شرطة الإحتلال منذ العام 2003 للمستوطنين باقتحام المسجد من خلال باب المغاربة ، جميع أيام الأسبوع ما عدا الجمعة والسبت.

وتطالب دائرة الأوقاف الإسلامية في القدس، التابعة لدائرة الأوقاف الإسلامية بالأردن، والمسؤولة عن إدارة شؤون المسجد، بوقف الاقتحامات ولكنّ الشرطة الإسرائيلية لم تستجب لهذا الطلب.

يُشار إلى أن شرطة الاحتلال تسمح للمتطرفين اليهود باقتحام الأقصى على فترتين؛ الأولى تبدأ من الساعة الـ 07:30 وتستمر لـ 4 ساعات تقريبًا (الصباحية)، والثانية تبدأ بعد صلاة الظهر، وتستمر لساعة ونصف (مسائية).

وعادة ما يقتحم المتطرفون باحات الأقصى من جهة "باب المغاربة"، ويسيرون في مسارات، وينظمون جولات تهويدية داخلها حتى منطقة الخروج من "باب السلسلة" الذي يشهد عادة استفزازات للمصلين المسلمين واعتداءات.