ويحظى هذا المسجد بأهمية كبيرة ايضا من حيث هندسته المعمارية الصحراوية ووجود حفرة واسعة في باحته تحتوي على بستان وأشجار النخيل واحتوائه على مساحات متنوعة.

ومن النقاط اللافتة للنظر لهذا البناء وجود مساحة واسعة بثمانية اضلاع من الجانب الشرقي لبوابة الدخول الرئيسية والمزين سقفها بنقوش جميلة من الجص.

ويعود تاريخ هذا المسجد الى القرن الخامس للهجرة. وقد بني وتأسس على يد الملا محمد باقر.

ويقع المسجد والمدرسة العلمية التابعة له في محلة بافق القديمة، شارع المسجد الجامع. وقد تم إدراجه في قائمة الآثار الوطنية الايرانية في العام 1996م. وهو أقدم مساجد مدينة بافق.

وقد صمم المسجد، الذي يسميه أهالي المنطقة بمسجد الجمعة، ليكون في قسمين اثنين، صيفي وشتوي، حيث إن الصيفي هو حرم للتعبد والصلاة ليلاً ويحتوي على فتحات تهوية كبيرة مثل ما هو موجود في مسجد يزد الجامع الكبير، وعلى خطين بقواعد محكمة.

وكان للمسجد سقف من طبقتين، والذي تهدم، ومسجد آخر تم بناؤه حديثاً. ويشاهد في مقدمة الايوان والحرم اعمال من الكاشي القاجاري.

يذكر أن المسجد يحتوي على منقوشات وشهادة وقف في محراب الحرام منقوشة على لوحة صخرية بتاريخ 1190 هجري قمري.

وهناك شهادة وقف أخرى بتاريخ 1210 هجري قمري في المحراب أسفل إحدى فتحات التهوية والمتصلة بالحرم الرئيسي الكبير. ثم شهادة وقف ثالثة بتاريخ 1294 هجري قمري في مبنى المدرسة ذي ثمانية اضلاع.